Инструменты, которые мы написали для себя и выложили, потому что таких мелочей вечно не хватает. Обе — на Python, без зависимостей кроме Pillow.
Берёт папку с PNG, раскладывает их по листу и пишет JSON-атлас. Умеет фиксированную ширину листа, отступы и обрезку прозрачных полей.
pxpack ./sprites -o sheet.png --atlas atlas.json --width 512 --trim
Превращает любую картинку в набор цветов из заданной палитры — удобно, когда чужие ассеты выбиваются из стиля, а перерисовывать лень.
paltool input.png -p palette.txt -o out.png --dither
Обе утилиты под MIT: скачать можно одним архивом, там же контрольные суммы. Исходники внутри архива, никакой сборки не требуется.